Cette bactérie qui effraie l’Allemagne

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Plusieurs dizaines de cas d’infections par une bactérie de type E. Coli sèment la panique en Allemagne. Des légumes souillés d’origine espagnole seraient responsables de la contamination. Seule parade: la cuisson.

Une épidémie importante en Allemagne

Depuis fin avril, plus de 400 cas d’infections alimentaires graves ont été recensés en Allemagne, particulièrement dans le nord du pays. Au moins trois décès seraient attribuables à cette épidémie. Les premières analyses ont révélé que le germe responsable de cette épidémie est une bactérie, « Escherichia coli appartenant à un sous-groupe très rare secrétant une toxine très puissante » explique François-Xavier Weill du Centre National de Référence des Escherichia coli et Shigelles, à l’Institut Pasteur.

D’après le résultat des investigations épidémiologiques, les bactéries auraient été transmises par l’ingestion d’un produit végétal consommé cru (la bactérie a été retrouvée sur trois concombres). « Il s’agit d’un évènement assez inhabituel par le grand nombre de personnes touchées, gravité de l’infection et aussi parce qu’elle touche des adultes alors que ce sont principalement les enfants présentent des problèmes habituellement » précise le spécialiste.

Une bactérie responsable d’infections alimentaires multiples

Habituellement présente dans le tube digestif des ruminants, E.coli a vraisemblablement contaminé des cultures de légumes. Les enquêteurs tentent de déterminer l’exploitation d’origine afin de comprendre comment la contamination a pu se produire (épandage de fumier ?). Certaines sources situent le point d’origine des produits en Espagne ce qu’a démenti le ministre espagnol de l’agriculture.

Ce n’est pas la première fois qu’une telle épidémie se produit. Les infections à E.coli sont fréquentes, elles provoquent généralement des épisodes de diarrhées sanguinolentes mais certaines souches secrètent des toxines provoquant un syndrome hémolytique et urémique (SHU), une complication grave qui se manifeste par une destruction des globules rouges et des plaquettes et des lésions vasculaires qui peuvent entrainer une insuffisance rénale chronique voire le décès.

Les infections se produisent généralement suite à la consommation d’aliments crus contaminés comme la viande hachée mal cuite (on parlait même de maladie du hamburger aux Etats-Unis), fromages au lait cru ou légumes souillés ou d’eau non potabilisée (puits, rivières).

Surveillance continue en France

Le seul moyen de prévenir ce type d’infection est de consommer des aliments cuits. Ce qui peut se faire sans trop de difficulté pour la viande si on s’abstient de commander des tartares mais qui parait plus problématique pour les légumes ! Notamment pour les concombres. Peut-on alors se contenter de les laver et de les éplucher ? « Il est certain qu’en épluchant les concombres on diminue fortement l’inoculum. Mais l’importance de l’épidémie fait suggérer une forte contamination » signale François-Xavier Weill. Les consommateurs allemands ont donc intérêt à suivre le conseil des autorités allemandes qui est de cuire les légumes crus pendant dix minutes à 70°C.

Pour ce qui est des Français pour le moment il n’y a rien à craindre. « Le système de surveillance des infections alimentaires, en place depuis une quinzaine d’années, n’a pas relevé de pic épidémique particulier » rassure le chercheur. Dans l’hexagone on relève tous les ans une centaine de cas de contamination par E.coli, principalement chez les enfants.

http://www.sciencesetavenir.fr/actualite/sante/20110527.OBS4057/cette-bacterie-qui-effraie-l-allemagne.html

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La bactérie E.coli impliquée dans l’épidémie allemande serait une souche nouvelle, un hybride encore jamais rencontré, révèlent les premiers résultats du séquençage génétique. La source de l’infection demeure inconnue.

La bactérie impliquée dans l’épidémie de diarrhées hémorragiques et de SHU en Allemagne n’est pas une parfaite inconnue mais possèderait des caractéristiques nouvelles. Elle serait le fruit d’une combinaison entre des types différents d’Escherichia coli, selon les deux groupes qui ont commencé le séquençage de la bactérie isolée chez des patients en Allemagne. L’Université de Hambourg-Eppendorf travaille avec l’Institut de génomique BGI-Shenzhen en Chine et l’hôpital de Münster avec la société californienne Life Genomics.

Reprenons : il s’agit d’une bactérie Escherichia coli, productrice de toxines Shiga et provoquant des diarrhées hémorragiques –on parle donc d’E. coli entéro-hémorragique, ou ECEH. A l’intérieur de ce groupe de bactéries ECEH, les biologistes créent des sous-groupes d’après les réactions immunitaires que provoquent ces microbes (leurs antigènes déclenchant la production d’anticorps spécifiques par l’organisme humain). On parle alors de sérotype. O157 :H7 est le sérotype le plus fréquemment rencontré dans les flambées épidémiques liées à l’alimentation.

La souche isolée dans le nord de l’Allemagne appartient au sérotype O104. Elle n’a jamais été impliquée dans une épidémie. Etonnamment, cette souche aurait 93% de séquences génétiques en commun avec une autre E. coli, isolée en République de Centre-Afrique, EAEC 55989. Cette dernière appartient au groupe des Escherichia coli entéro-agrégatifs (EAEC ou ECEAgg en français) : il s’agit de souches provoquant des diarrhées persistantes chez les enfants (plus de deux semaines), de plus en plus fréquentes dans les pays en développement.

Life Genomics estime également qu’il s’agit d’une souche hybride entre une ECEH et une ECEAgg, une « combinaison unique de différents facteurs de virulence ».
Echange d'ADN entre bactéries

La souche aurait par ailleurs acquis des gènes impliqués dans le syndrome hémolytique et urémique (SHU), une évolution de l’infection par une bactérie EHEC qui touche entre 10 et 20% des patients en Allemagne depuis le mois de mai (520 cas de SHU dont 11 morts ont été recensés à cette date par l’Institut Robert Koch, plus un décès en Suède). Ces gènes auraient été acquis par transfert horizontal, d’après le BGI. Il est en effet bien connu que les bactéries peuvent acquérir de nouveaux gènes de deux façons : verticalement lors de la division des cellules et horizontalement par échanges avec d’autres souches. C’est ainsi que les gènes de résistances aux antibiotiques se diffusent dans les populations bactériennes.

Le séquençage confirme que la mystérieuse souche est résistante à plusieurs antibiotiques (ce qui signifie que leur efficacité est diminuée) : les aminosides (streptomycine, gentamicine…), les macrolides et les bêta-lactamines (pénicillines et céphalosporine). Cependant au stade du SHU, les antibiotiques ne servent plus à rien pour soigner le malade, qui souffre alors d’atteintes rénales et d’anémie, voire de complications neurologiques (lire: Un nouveau traitement à l'essai en Allemagne).
Origine inconnue

Ces analyses sont préliminaires, d’autres résultats plus fouillés seront publiés ultérieurement. Pour le moment elles ne permettent pas de répondre à une question cruciale : d’où vient cette bactérie ? Si l’alimentation, en particulier les légumes crus, semblent être au cœur de l’épidémie, rien n’est tranché. Le concombre d’origine espagnole a été innocenté (la souche bactérienne n’était pas la même).

La bactérie emprunte peut-être un autre chemin pour infecter l’être humain. Ainsi, Flemming Scheutz, responsable du centre de référence des Escherichia pour l’OMS à Copenhague, souligne sur le site de la revue Nature que la souche n’a jamais été observée chez l’animal. « Il est possible qu’elle soit passée directement à l’homme depuis l’environnement » suggère-t-il.

http://www.sciencesetavenir.fr/actualite/sante/20110603.OBS4459/allemagne-le-profil-de-la-bacterie-tueuse-se-precise.html