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La recombinaison
La prochaine grande étape se produit lorsque l'Univers est âgé de 380 000 ans et que sa température est tombée à 3000 kelvins. Avant cette époque, protons et électrons sont libres et les atomes ne peuvent pas exister. Si, par hasard, un proton et un électron se rencontrent et s'associent pour former un atome, leur liaison est immédiatement détruite par un photon énergétique. Pour cette même raison, les photons, qui sont rapidement absorbés par ces atomes éphémères, ont une durée de vie très courte. Ils n'ont donc guère le temps de se déplacer, ce que l'on exprime en disant que l'Univers leur est opaque.
Le changement se produit lorsque la température de l'Univers atteint les 3000 degrés. L'énergie moyenne des photons passe alors sous le seuil de la liaison électron-proton. Le rayonnement perd ainsi sa capacité à dissocier les couples qui se forment. Les rencontres au hasard entre noyaux et électrons vont dorénavant donner naissance à des composés stables : les premiers atomes d'hydrogène ou d'hélium. Cette époque est connue sous le nom de recombinaison.
En même temps, les photons sont maintenant trop peu énergétiques pour être absorbés par des atomes. La lumière n'a plus d'obstacle et les photons peuvent désormais se propager sans entrave. L'Univers devient transparent et le rayonnement se découple de la matière.
Le rayonnement fossile
Ce découplement a laissé une trace qui est encore observable de nos jours. En effet, comme il ne peut être absorbé, ce rayonnement qualifié de fossile emplit toujours encore l'Univers. Cependant, sa température a changé. En effet, depuis l'époque de la recombinaison, la taille de l'Univers a été multipliée par un facteur 1000. La température du rayonnement fossile a donc été divisée par ce même facteur. Comme elle était d'environ 3000 kelvins à l'époque, l'Univers actuel doit être baigné d'un rayonnement à environ trois kelvins. D'après la loi de Wien, son maximum se trouve par conséquent à une longueur d'onde de l'ordre du millimètre, dans la partie supérieure du spectre radio connue sous le nom de domaine des micro-ondes.
La confirmation de l'existence de ce rayonnement fossile vint dans les années 1960. Deux astrophysiciens américains, Robert Dicke et James Peebles s'attaquèrent sérieusement au problème de la naissance de l'Univers et prédirent que l'Univers devait être baigné par un rayonnement fossile dont le maximum d'intensité se trouvait dans le domaine des micro-ondes. Pour confirmer cette prédiction, Dicke et ses collaborateurs se lancèrent dans la construction d'une antenne destinée à détecter le rayonnement fossile.
Ils furent cependant devancés par accident par deux ingénieurs américains, Arno Penzias et Robert Wilson. Ces derniers avaient conçu une antenne micro-ondes destinée à recevoir les signaux de Telstar, le premier satellite de communication. Lors de leurs premiers essais, en mai 1965, ils se rendirent compte qu'ils captaient un signal imprévu, qui présentait la particularité d'être identique dans toutes les directions. Pensant qu'il s'agissait d'un simple bruit dû aux circuits électroniques ou à l'antenne, ils vérifièrent tout l'appareillage et nettoyèrent même les déjections d'oiseaux, mais sans succès.
L'explication leur vint finalement lorsqu'ils entendirent parler des travaux de Dicke et de Peebles : leur antenne ne captait pas un bruit parasite, mais le rayonnement fossile à trois kelvins. Cette découverte constituait un succès éclatant pour la théorie du Big Bang et valut à Penzias et Wilson le prix Nobel de physique. Elle fut rapidement confirmée par l'antenne de Dicke, fin 1965, puis par toute une série d'instruments, depuis des antennes terrestres jusqu'à des capteurs installés dans des ballons ou des fusées.
Finalement, en 1989, fut lancé le satellite COBE qui avait pour mission d'étudier le rayonnement fossile avec une résolution inégalée. Cet instrument spatial fournit un spectre qui correspondait avec une incroyable précision à celui d'un corps noir de température 2,73 kelvins. Après cette observation, l'origine du rayonnement fossile ne faisait plus guère de doute. Cette lumière micro-onde constituait bien une preuve que l'Univers était passé par une phase extrêmement dense et chaude.