Alphonse Milne-Edwards, né à Paris le 13 octobre 1835 et mort à Paris le 21 avril 1900, est un zoologiste français.
Il obtient son titre de docteur en médecine en 1859 et devient professeur à l'école de pharmacie en 1865.
Il conduit, en 1881, une mission d'exploration scientifique du golfe de Gascogne. Il la prolongera plus tard aux îles Canaries, aux îles du Cap-Vert et aux Açores. Ces travaux seront récompensées par la médaille d'or de la Royal Geographical Society.
Il publie de très nombreux travaux en ornithologie. Il faut notamment citer ses Recherches anatomiques et paléontologiques pour servir à l'histoire des oiseaux fossiles de la France (quatre volumes, 1867-1872) et ses Recherches sur la faune ornithologique éteinte des îles Mascareinges et de Madagascar (1866-1874).
Il effectue également des recherches sur les mammifères de Madagascar et d'Asie centrale.
Milne-Edwards devient professeur d'ornithologie et de mammalogie au Muséum national d'histoire naturelle de Paris en 1876. Il devient directeur du muséum en 1891 et il est élu membre de l'Académie des sciences en 1879. Il est membre du Conseil d'administration de la Société Nationale d'Acclimatation de France de 1873 à 1900. Il devient membre étranger de la Société zoologique de Londres en 1876.
Il est le fils d'Henri Milne Edwards à qui il succèda à la chaire des vertébrés lors du départ à la retraite de ce dernier. Il était aussi le gendre de Jules Pierre François Stanislas Desnoyers (1800-1887), géologue, archéologue, historien, membre de l'Institut.
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